Les manuscrits sont classés en collections selon leur langue (grec, latin, français, allemand, espagnol, italien…), selon le nom de la personne (érudit, bibliophile) qui les a réunis ou selon un thème (histoire des provinces françaises).
La numérisation des catalogues publiés décrivant ces collections est en cours.
Provinces françaises
Bénédictins de la Congégation de Saint-Maur.
Originaux et copies réunis au XVIIe et au XVIIIe siècles.